Verfahrene Situation, das geht so überhaupt nicht. Das ganze Haupt-Programm ist blockiert, da kannst Du nichts mehr an das Sub-VI senden, mit globalen Variablen auch nicht. Normalerweise ist das gut so, der Fokus liegt dann auf dem Sub-VI, und du beendest es mit einem Knopf auf seinem eigenen FP.
Es gibt aber einen Methodenknoten zum Starten des VI, der funktioniert ohne dass man das SubVI-Ikon braucht. Und dort gibt es eine Option, die es bei Aufruf über das Ikon nicht gibt: "Warten bis beendet = false" Das wäre genau das Richtige für Dich. Mußt selbst mal suchen und Beipiele finden. Ich zeige mal nur einen Schnappschuss von etwas, was ich gerade zufällig in der Mache habe, damit Du nicht ganz ratlos dastehst: