Es ist zwar nicht das was du willst, aber vielleicht ein Workaround...
In der LabVIEW.ini kannst du z.B. folgendes einstellen:
blinkSpeed=100
blinkFG=000ADC00
blinkBG=000E00C8
soweit ich bis jetzt gehört habe, kannst du deiner Exe auch eine Ini verpassen, welche durchaus identisch mit der LabVIEW.ini sein kann. Dann werden dort die Einstellungen deiner IDE auch in der Exe benutzt. Ini-Einträge die du eh nicht brauchst kannst du ja dann weglassen.
Kann mich auch irren, hab (noch) keinen AppBuilder.
Gruß SeBa