Probieren geht über Studieren. Lass ihn einfach mal weg...
Ich kann dir auch keinen wirklich vernünftigen Grund für den Semaphore nennen, außer der Ersteller des Programms hatte Angst zwecks Resourcen-Konflikten über den USB-Bus. Ab und an einen DO zu setzen (mit Software-Takt) und Counter neu zu setzen, das sollte keine großen Störungen bringen. Früher hast du aber auch dauernd den AI-Task neu angelegt, vielleicht gab es da Probleme im Zusammenspiel.
Um dein nicht funktionsfähiges Motor-Controller-VI zu verstehen, habe ich mir nochmal
deinen alten Upload angeschaut.
Fehler bei Frame 5 kommt daher, dass davor versucht wird, für 3 Counter 3 Tasks anzulegen - deine 6212 hat aber nur 2 Counter. Somit Fehler beim 3. Task.
Außerdem empfehle ich dir, alle DOs zu einem Task zusammenzulegen, dann sparst du noch etwas Kommunikationsübertragung zur Karte.
Gruß, Jens