Was für Periodendauern misst du denn? Irgendwie müssen da vereinzelt recht große Werte dabei sein, bzw. die durchschnittliche Periodendauer müsste > 1ms sein.
Schau mal hier:
http://zone.ni.com/devzone/cda/tut/p/id/2868
Ein neuer Periodenwert wird bei einem Counter-Task nicht, wie bei einem AI-Task, in einem festem Takt erfasst. Du hast deine Tasks definiert auf 1000 "Finite Samples" und willst dann diese 1000 Samples in max. 1 Sekunde einlesen. Aber was ist, wenn jetzt die durchschnittliche Periodendauer > 1ms war, dann können noch gar keine 1000 Samples vorliegen -> Folge: Fehlermeldung.
Gruß, Jens