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Auch wenn es keine Antwort ist, eine kleine Erklärung:

Erstes Problem(chen) bei deinem VI-Upload: Du verwendest VIs aus dem "Sound and Vibration Toolkit". Das haben die meisten User hier im LVF sicherlich nicht installiert.
Zweites Problemchen: Du hast dein VI so stark reduziert (u.a. fehlt die äußere While-Loop), dass gar nicht mehr so recht klar ist, was das ganze VI überhaupt so macht.

Gibt es z.B. einen Fall in deiner State-Machine, in dem du das Schieberegister leerst?

Gruß, Jens

Mit dem Sound and Vibration Toolkit hast du natürlich recht... leider kann ich da ja nicht viel machen.
Ich habe nochmal einen Screenshot hochgeladen vom "ganzen" VI wobei die anderen Cases natürlich nicht sichtbar sind.
Der einzige Case der im Messprozess noch aktiv werden kann ist das "Anzeigen Update" aber da wird der Hauptcluster in den
ich alles reinlade nicht verändert sondern nur gelesen...

Das Schieberegister bzw der Cluster wird beim Start des VI initialisiert... dann nur noch beschrieben.
Ich muss die Daten dann an anderer Stelle noch analysieren... und darstellen ... usw
Dafür benutze ich diese Cluster Datenleitung.

Hm den Queue lösche ich nicht. Ich habe nie verstanden warum und es hat auch (bisher) immer so funktioniert.
Ich werde es morgen aber mal ausprobieren.

So...
Ich habe heute eine "Lösung" gefunden...
Ich habe die Abtastfrequenz von 50khz schrittweise auf 10kHz reduziert bis alles wieder einigermaßen lief.
Wenn ich zwischen den Versuchen länger gewartet habe trat das Problem nicht mehr auf. Und bei 10kHz läuft es jetzt recht sicher.
Ich verstehe zwar nicht wirklich warum... aber immerhin läufts.
Seltsamerweise wird die erste Messung nach der ersten Mittelung verworfen, aber das ist praktisch nicht so wild...

Vielen Dank nochmal für eure Hilfe