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Ich weiss nicht, ob das schon jemand vorgeschlagen hat:
Es wäre gut, wenn man im Blockdiagramm die Möglichkeit hätte, komplette Verbindungen und nicht nur einzelne Leitungsstücke, am besten einschliesslich zugehöriger lokaler Variablen, zu markieren, so dass man sie sofort als eine Leitung erkennt.
Wenn man sehr große und/oder eng gezeichnete Blockdiagramme hat, zB auch mit vielen parallelen Threads, wäre das m.E. sehr hilfreich, zumal man ja nicht einmal zoomen kann. Oft muss man auch von anderen geschriebenen Code (zb von NI...) schnell nachvollziehen können; gerade NI baut Verbindungen oft sehr eng nebeneinander und sogar übereinander.
Die "Aufräum"-Funktion kenne ich, natürlich auch die Lokale-Var.-Suche, aber eine solche Funktion vermisse ich trotzdem.
Bei Hardware-Schaltplaneditoren (zB Eagle) ist sowas Standard.

Man kann eine Verbindung mittels Dreifachklick highlighten. Mehr ist m.E. nicht sinnvoll. Wenn eine Verbindung in eine Struktur hineingeht oder herauskommt, dann ist das nicht mehr dasselbe wie vorher. Es werden dann Kopien angelegt. Es wäre deshalb falsch, eine Verbindung durch einen Tunnel hindurch zu highlighten.