Erst einmal danke für die Antworten. Über AutoIt habe ich auch schon nachgedacht, musste es aber verwerfen, da das Programm auf diesem Rechner nicht installiert werden kann. Python ist demzufolge leider auch ausgeschlossen. Nach längerer Suche habe ich folgenden Forenbeitrag gefunden:
http://decibel.ni.com/content/docs/DOC-9001 . Die Schwierigkeit hierbei ist jedoch, das es nicht möglich ist die Alt-Taste zu simulieren, somit kann ich nicht zwischen den Programmen tabben.
Den Screenshot aus der Zwischenablage in Labview einzufügen geht auch sehr einfach mittels:
http://vi-lib.com/user.lib/HowtoperformS...pture.html
Edit: gerade Möglichkeit für Screencapture gefunden, nur das Tabben funktioniert nicht