Express-VIs sind bei den "Experten" nicht so wahnsinnig beliebt, weil sie viele eigene Probleme mit sich bringen und es bei Allem, was über ganz simple Aufgaben hinaus geht, nicht so richtig bringen.
In diesem Fall ist die Lösung aber relativ einfach: Im Express-VI "Messwerte in Datei schreiben" umstellen auf "Daten anhängen" (oder wie auch immer das im Deutschen heißt...) und um den ganzen Kram eine Schleife setzen.
Wichtig: Den Stop-Knopf zum Beenden der Schleife mindestens so groß machen wie den Knopf zum Beginn des Speicherns. Sieht sonst doof aus. ;-)
Wirklich wichtig: Mit dieser Minimallösung wandern alle Werte dann immer in die gleiche Datei. Alles Andere wird dann etwas aufwändiger.