Problem Beim Messdatenspeichern

Offenbar läuft der Erfassungspuffer voll, bevor Du ihn ausliest.
Wie bereits erwähnt, ist es hier definitiv angebracht, die 250ms Wartezeit zu entfernen, da Du ja alle 100ms lesen musst.

Wenn das alleine nicht ausreicht, vermute ich, dass das TDMS-Schreiben zu lang dauert.
Bei 20s und 2000 kS/s bekommst Du 40000 Werte oder 320kB Daten. Das passt locker ins RAM.
Du könntest also versuchen, die Daten während der Messung zu sammeln und dann am Ende in einem Rutsch zu schreiben.
Dann entsteht auch eine TDMS-Datei, die nicht gar so fragmentiert ist, wie die jetzige.

Anderer Ansatz: musst Du wirklich so viele kleine Blöcke lesen? Evtl. reicht es schon, aus der 200 beim AI Read eine 1000 zu machen.