Header Files in Config.Files

So wie ich Dich verstehe, handelt es sich nicht um die Konfigurationsdatei Labview.ini im Installationsverzeichnis von Labview.exe - die wird automatisch gesäubert -, sondern um eine Textdatei, die Du als Konfigurationsdatei verwendest - und die wird natürlich nicht gesäubert oder sonstwie ohne Dein Zutun verändert. Und über die hast Du doch die volle Programmkontrolle, wo liegt hier überhaupt das Problem?
Z.B so kann man es machen: Datei in While-Schleife zeilenweise einlesen, und jede Zeile auf Gleichheit mit "***End_of_Header*** prüfen. Zeilen bis dahin verwerfen. Danach raus aus der Schleife und den Rest der Datei mit den eigentlichen Konfiguratinsdaten lesen.