alte CSV Datei entleeren vor neuer Messung

Es ist mir nicht ganz klar, was Du mit "neuer Messung" meinst: Ist das jeder neue Datensatz aus dem µC, oder meinst Du damit die Daten nach einem Neustart des ganzen Systems?
Deshalb keine Antwort auf die Frage, sondern allgemeine Bemerkung:
Wenn die Datenmengen entsprechend groß sind, würde ich das Konzept, jeden neuen Datensatz direkt in die Datei zu schreiben, für richtig halten.
Allerdings würde ich dazu nicht das VI "Write To Spreadsheet File" verwenden, obwohl das möglich wäre. Dieses VI ist, ähnlich einem Express-VI, so eine Art eierlegende Wollmilchsau. Die Datei wird hier bei jedem Zugriff neu göffnet und dann wieder geschlossen, was nicht effektiv ist.