unstetige Zeit mit DAQ???

Du bildest den Mittelwert von je 100 Messwerten. Was Du vor allem erst mal machen solltest: Das DAQmx Lesen so einstellen, daß es wartet, bis 100 Messwerte angefallen sind. Also den Anschluß änderen von -1 auf 100. Damit hast Du genau einen Schleifendurchlauf pro Mittelwert. Schließe auch den Fehlerausgang in der Schleife mal an eine Anzeige an und sieh ob es zu Fehlern/Warnungen wegen Pufferüberlauf kommt. Überleg Dir auch, ob Du wirklich 100000/100 = 1000 Diagrammwerte/s brauchst. Wenn nicht, dann über entspreched mehr Werte mitteln.
Weitere Verbesserung (oder besser: die entscheidente):
Auf jeden Fall würde ich die Diagrammpunkte bei dieser Geschwindigkeit nicht einzeln updaten, sondern wenigstens 10 stückweise: DAQmx Lesen je 1000 Werte einlesen lassen, alles andere bleibt unverändert. Das VI Datenkommprimierung reduziert diese auf je 10 Werte und übergibt die 10 Werte alle 0.1sec (Schleifendurchlauf-Zeit) auf einmal an des Diagramm.
Fazit: Ändere einfach die -1 in eine 1000 und Du wirst glücklich und zufrieden sein...
Anm: Die Buffergröße ("Samples per Channel") würde ich auf ca. 10000 oder sogar weniger reduzieren.