Zuordnung Beschleunigungssignal (Analog) zum Drehwinkel

So wie Du es gemacht hast geht es gar nicht. Die beiden Tasks werden zwar quasiparallel verarbeitet, aber das heiß nicht, das das synchron läuft.
Studiere mal die Beipiele unte DAQmx /Synchronisation, veilleich ist das Passende dabei.

Ich selbst würde es allerdings ganz anders machen. Ich würde die Bescheunigungsdaten direkt mit den Impulsen des Winkelancoders triggern. Wenn z.B. der Encoder 360 Striche hat, dann hätte man alle 1 deg einen Messwert und brauchte überhaupt nur noch diesen einen Kanal. Lediglich den Referenzimpuls des Encoders müßte man zwecks absoluter Zuordnung zum Drehwinkle. des Prüflings und Nullsetzung mit auswerten.