Mittelwert aus einzel-FFT's

Die Sache einfacher als Du denkst:
für das Fouriersprektrum nimm die VIs aus der Palette
Signalverarbeitung/ Signalverlaufsmessung
Dort ist genau die Mittelwertbildung wie Du sie geplant hast in den VIs selbst schon mit eingebaut. Außerdem können diese Funktionern ganze Arrays von Signalverläufen behandeln, so daß Du die Daten nicht mehr aufsplitten mußt. Sie sind auch sonst viel komfortabler als dein AutoPowerSpectrumVI, z.B Ausgabe in dB usw. Das Einzige was gemacht werden muß: Die Daten in Signalverläufe konvertieren - aber das sollte kein Problem sein.
Ich würde Dir empfehlen, statt 4000 besser 4096 Samples zu verwenden. Sonst ist es kein FFT und es kann wesentlich länger dauern.
Probier mal den Vorschlag und wenn es Probleme gibt melde Dich wieder.