Ich werd mal versuchen deine Fragen/Bedenken aufzuklaeren.
Wenn ich dich richtig verstehe, hast du das kompilierte FPGA VI vorliegen und ein Host VI (wobei sich hier die Frage stellt, ob es sich um das RT oder Windows Host VI handelt).
Wenn du in deinem "Host.vi" die FPGA Referenzen verwendest + FIFOs, dann muss es sich zwangslaeufig um das RT Host.vi handeln.
Nachdem du die Messung nach einem User Input starten willst, kannst du ggf. eine digitale Leitung einer deiner cRIO Module opfern und ganz einfach dem Signalfluss angepasst, am Anfang deines FPGA Programmes den Pegel der digitalen Leitung pollen und nach einem Flankenwechsel die gesamte Messung am FPGA starten.
Die zweite Sache ist die "autoload" Funktion deines lvbit files. Deiner Beschreibung nach sind beide voneinander abhaengig, bzw. das FPGA VI nimmt Daten auf und streamed diese an den RT Host. Dem zu Folge macht es keinen Sinn das lvbit file mittels autoload Funktion in den Flash Memory zu legen.
Deshalb solltest du an dieser Stelle folgendermaßen vorgehen: Application Builder starten und dein RT Host.vi als Haupt-VI angeben und ganz wichtig, das lvbit file als Supported File!
Danach bestaetigst den Dialog mit Ok und machst im Project Explorer auf den neuen Eintrag unter "Build Specifications" einen rechtsklick und waehlst die 1. Option aus "Set as Startup". Danach nochmals einen rechtsklick -> Build -> im Anschluss nochmals rechtsklick und Download.
KB zu diesem Thema
Wennst diese Prozedur feddich hast, wird bei jedem Neustart des Controllers die .rtexe geladen!
Wennst dann den FPGA Teil noch durch die Aktion mit dem Flankenwechsels erweitert hast, wird die Messung zu einem bestimmten Zeitpunkt gestartet!
Die Frage bezueglich der Speicherung ist auch sehr schnell abgehandelt -> einfach net umdenken, sondern gleich implementieren als ob du unter Windows arbeiten wuerdest (siehe Screenshot)
Das einzige was du beachten musst ist, dass du NICHT mehr Daten schreibst als die Festplatte hergibt. Es kommt naemlich unter Umstaenden vor, dass die Karte durch das "ueberschreiben" unbrauchbar wird! Die einzige Abhilfe in diesem Fall ist es, die CF auszubauen und per Hand zu formatieren!
Gutes gelingen!