2x Messung der Periodendauer

Aktuell verwendest du keinen Hardware Sampletakt. D.h. der Zeitpunkt der Sampleerfassung ist rein softwarebestimmt. Die Counter dürften mit der Standardbaseclock laufen. Ist bei der 6601 denke ich 20 Mhz.
Ein weiterer Unterschied zwischen DMA und Interrupts ist, das du nur ne begrenzte Anzahl an DMA Kanälen hast. Bei der 6601 ist es nur einer. D.h. du kannst maximal 1 Tasks auf DMA laufen lassen.

Weiterhin dürfte deine Filterung nicht sauber funktionieren da du aktuell von einer Samplerate von 1 Hz ausgehst da du Fs nicht verdrahtet hast. Zum Filtern ist es dann auch suboptimal das du keinen Sampletakt verwendest und deine Daten damit auch nicht äquidistant sind.