Starten die SubVis gleichzeitig?

Allein vom Datenfluss her können beide VI-Aufrufe parallel laufen. Vorraussetzung ist, dass du dieses VI auch ablaufinvariant (reentrant) einstellst. Aus deiner Beschreibung des Verhaltens beim debugging würde ich aber davon ausgehen, dass du es noch nich so konfiguriert hast. Aus der Case-Struktur geht er erst raus wenn der komplette Inhalt ausgeführt ist, in deinem Fall auch das beide VI-Aufrufe fertig sind.