Datenerfassung unterbricht vorübergehend in unregelmäßigen Abständen

Alles, was nicht deterministisch ablaufen kann oder muss (also gerade File I/O oder Netzwerk-Kommunikation) hat nichts in einer Timed-Loop zu suchen! An deiner Stelle würde ich mir die beiden unteren Timed-Loops schenken und durch normale Schleifen ersetzen. Die Taktung hast du automatisch durch die FIFOs.

Dann zu den RT-FIFOs: Zwecks Einstellung "Polling" jagst du die CPU-Last unnötig in die Höhe. Probier mal lieber den Modus "Blocking".

Gruß, Jens