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vielen Dank für deine Antwort. Tatsächlich zeigt sich das Verhalten, dass in der ersten Ausführung die Ausgabe der Counter leer bleibt und in der zweiten 3000 Werte enthalten sind. Klingt also soweit ganz gut, nur erklärt sich mir damit die erste leere Sekunde nicht. Die Datenerfassungen sollten doch gleichzeitig starten und eine Sekunde laufen. Werden also nach einer Sekunde die geforderten 1000 AI-Samples abgeholt, sollten doch 3000 (oder auch 3006?) Counterwerte vorhanden sein.
Wer noch Ideen hat, immer raus damit. Beste Grüße und eine schönes Wochenende!