Nur ausgewählte Kanäle scannen.

kann das sein, dass du versuchst alle 16 Kanäle in die "Scan-Liste" mit aufzunehmen aber nur eine ausgewählte Anzahl von Kanälen einlesen wirst? Ich vermute mal stark, dass das zu einem Buffer-Overflow auf der Karte führt, NI Karten beenden dann z.B. die Erfassung mit einer Fehlermeldung. Gibt es eine Funktion in der DLL mit der du den Fehler auslesen kannst?