Scanrate wird mit der Zeit langsamer, Speicher?

Also meiner Meinung nach liegt das Problem ganz klar daran, dass du Software-Timing verwendest. Das ist nie wirklich genau. Deine CPU hat einmal was anderes zu tun, kann dein VI nicht so fix abarbeiten und schon liegst du im Timing hinten.
Ich kenne mich mit Traditional DAQ nicht aus (wieso verwendest du das überhaupt?), aber bei DAQmx nimmt man einfach Hardware-Timing. Dann erledigt die Messkarte das Verknüpfen von Messwerten und Zeitinformationen...