Ein Counter in Abhängigkeit vom anderen

joh, das ist im Prinzip kein Problem, wenn du eine getriggerte Counter-Messung verwendest:

(ich geh jetzt mal von einer 6602 aus)
Counter 0: System-Takt der auf PXI_Trigg0 (oder RTSI0) geroutet wird
Counter 1: Encoder 1, continuierliche, gepufferte Messung, Zeitbasis PXI_Trigg0
Counter 2: Encoder 2, continuierliche, gepufferte Messung, Zeitbasis PXI_Trigg0

den Messtakt kannst du relativ klein wählen, z.B. 10 Hz oder, wichtig ist, dass die Zählerstände der beiden Counter 1 u. 2 jeweils immer exakt zum gleichen Zeitpunkt ausgelesen werden, und das schafft man nur in dem man sich den entsprechenden Messtakt selbst generiert.

die Triggerung:
(z.B.) den DIO0 auf PXI_Trigg1 routen, beide Encoder Tasks triggern auf PXI_Trigg1 und sind gestartet bevor du die Trigger-Leitung für ca. 5 ms auf high setzt

Für die Auswertung schaust du dir einfach immer das letzte Sample an und prüfst ob die Zähler-Stände gleich sind.