Übergeordnete Funktion

Nicht alles ganz klar. Wie ist dein Hauptprogramm aufgebaut? Kannst du es überhaupt an jeder Stelle abbrechen? Hast du eine State Machine? Müssen diese 5 Minuten genau eingehalten sein? Hast du mehrere parallele Schleifen im Programm oder nur eine Hauptschleife?
Mein erster Vorschlag wäre ein VI zur kritischen Messung zu erstellen und dieses in eine Case-Struktur in einer parallele While-Schleife setzen. Diese While-Schleife wird z.B. jede Sekunde ausgeführt, aber nicht das VI in der Schleife. Erst, wenn 5 Min. vorbei sind, wird das VI ausgeführt und abhängig vom Resultat der Messung wird ein Event ausgelöst, der die Hauptschleife z.B. abbricht.
Um genaueres zu raten musst du mehr über deine Vorgehensweise sagen und evtl. noch Screenshot deines HauptVIs hier posten.