Zeitgenaues Auslesen eines Counters

Verstehe nicht, was Du willst. Am Anfang schreibst Du, daß Du den Zähler an verschiedenen Positionen des Motors auslesen willst. Dann heißt es, daß der Zähler bei Erreichen das Position gestartet (resetet?) werden soll. Nein, er wird nicht einfach gestartet, sondern "für X Sekunden" gestartet. Was heißt das genau? Was passiert nach diesem Starten? Was passiert nach Ablauf der Zeit X? Und dient der Zähler überhaupt zum Messen von Zeiten, oder mehr zum Generieren von Wartezeiten, oder soll er irgendwie für beides herhalten?
Am besten wäre eine klare Programmieranweisung in Form eines Flußdiagramms statt dieser mehrdeutigen Beschreibung.
Nützlich ist auch ein Hinweis über die Größenordnung und geforderte Genauigkeit der zu erwartenden Zeiten, denn davon kann die Programmierweise entscheidend abhängen.