Digitale Flanke erfassen und mit Zeitpunkt speichern

Quantsierungsfehler sind bei genügend hoher Zählfrequenz, sagen wie mal 10 MHz, wohl eher zu vernachlässigen, und wenn nicht wäre das auch nicht schlimm. Die Messung der nächsten Periodendauer beginnt exakt zu dem Zeitpunkt, an dem vorige Flanke beendet wurde. Da kann sich kein Fehler aufsummieren.

Alles was Du machen mußt ist, Samplezahl =100 vorzugeben und den resultierenden Array aus den 100 Elementen mit den einzelnen Periodendauern aufzusummieren.
Erfassung am besten kontinuierlich, und fortlaufend immer 100 Samples auslesen.