Störsignale beim Einlesen von Signalen

Ws Du beschreibst ist ganz normal. Die USB-Verbindung ist nicht galvanisch getrennt, so daß in Deinem Fall eine riesengroße Erdschleife entsteht. Du mußt differentiell messen, wobei sich die Kanalzahl um die Hälfte reduziert. Aber auch dabei gibt es den Unterschied von differentiell richtig und differentiell falsch, siehr hier.
Weitere Maßnahmen: Mittelwerte bilden, wo immer es geht. Besonderer Trick: Datenerfassung bei der Mittelwertbildung über 20ms oder ein Vielfaches, so daß sich 50 Hz-Störungen eliminieren.
Es ist auch keine gute Idee, den Spannungteiler weit weg von der Messwerterfassung zu haben und dann die geteilte, kleine Spannung über die störanfallige lange Leitung zur Messtelle zu führen. Und ganz schlimm wird es, wenn der Spannungsteiler nicht genügend niederohmig ausgelegt ist.