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Wie ich das verstehe willst du von LabView aus die Programmierung des uC Starten.
Ich habe es noch nicht selbst ausprobiert aber ich denke mit avrdude müsste es klappen.
Eingabe von uC, Prog Tool und Datensatz.
mögliche Befehlszeile: avrdude -p m128 -c stk500 -U flash:r:"c:/diag flash.bin":r