Wild ins Blaue vermutet würde ich denken, dass die Messzeit bisher durch die Ausführungsgeschwindigkeit bestimmt war und jetzt das Program auf schnellerer Hardware läuft.
Prinzipiell könnte das zum Beispiel auch versehentlich passieren, wenn die Begrenzung der Ausführungszeit über ein "Wait" realisiert wird, der Programmcode dann aber langsamer ausgeführt wird (und dadurch die Ausführungszeit der Schleife bestimmt). Sobald du schnellere Hardware hast führt sowas dann irgendwann so wie erwartet mit der Zeit aus die das Wait warten soll (kann auch schon sein, dass weniger / andere Hintergrundprozesse laufen etc.). Aber deine Aussage lässt mich vermuten, dass es bisher funktioniert hat, also das Timing stimmte...
Könnte höchstens noch sein, dass Waits genutzt aber auf die richtige Ausführungszeit abgestimmt waren (passt die Gesamtzeit deiner Waits zur beabsichtigten Messzeit?)
Ohne Program ist auch das bereits alles
Wenigstens ne Beschreibung wie genau du das Timing realisiert hast wäre hilfreich um beurteilen zu können warum das Timing nicht geht...
Gruß Kiesch