Also ich will das ganze wenigstens abschließen auch wenn ich immer noch nicht genau weiß woran es gelegen hat, ich habe nur Vermutungen.
Ich hatte lediglich eine globale Variable. Eine Racecondition ist ausgeschlossen, da ich nie gleichzeitig hineingeschrieben hatte. Die globale Variable habe ich jetzt jedenfalls nicht mehr, ich benutze stattdessen Referenzen.
Meine Vermutung ist mittlerweile, dass das Mappen mit net use Probleme bereitet. Man kann dazu auch im Netz Bugreporting finden, jedoch gibt es Hotfixes nicht für Windows 7. Ich benutze jetzt zwar immer noch net use, jedoch erstelle ich mir dabei kein Laufwerk auf das ich kopiere, sondern mache alle Kopiervorgänge direkt auf die Freigabe. Das funktioniert jetzt sehr gut.
Wie gesagt für mich ist das ganze immer noch Voodoo und ich bin froh das ich das jetzt so hinbekommen habe, auch wenn ich den Fehler nicht detailliert eingrenzen konnte.
Danke trotzdem an alle die helfen wollten