TDMS Files

Ich nehme an, das Ganze läuft nachher unter Windows.

Um welche Datenmenge geht es denn grob (Zeitraum, Abtastrate)?

Du könntest die Daten sonst auch direkt als CSV-Datei speichern im ASCII-Format (evtl. manuell die einzelnen Zeilen zusammen setzen). Sowohl Windows als auch die Festplatte puffert Daten. D.h. bis zu einer gewissen Anzahl an Daten pro Zeiteinheit ist das überhaupt kein Problem.
Hängt die Festplatte dennoch kurz mal, dann sorgen Windows und die Festplatte selbst dafür, dass keine Daten verloren gehen. Gerade aufgrund mehrerer Puffer.
Du darfst die Datei natürlich nicht bei jedem Schreibvorgang öffnen und schließen, denn das kostet Zeit. D.h. vor der Messung öffnest bzw. erstellst du die Datei, dann füllst du sie über einen großen Zeitraum und schließt sie nach der Messung.

Einziger Nachteil dabei: Geht während der Messung etwas schief und du schaffst es nicht mehr, die Datei zu schließen, sind die Messdaten weg.
Ob das bei TDMS anders ist, weiß ich nicht.