Das Problem wurde von unserer Werkstatt identifiziert, der neue GPIB-USB-HS Adapter reduziert die Data-Valid Übermittlung um 20ns gegenüber dem alten GPIB-Interface. Das hat allen anderen Geräten keine Probleme bereitet, dieses letzte Gerät jedoch war vom Timing her wohl doch etwas an der Grenze angesetzt. Nun versuchen sie das Problem mit Invertern in den Griff zu bekommen, mit Labview hat das Problem jedenfalls nichts mehr zu tun (und dann auch leider nie gehabt, meine Programmierung stimmte von Anfang an
). Danke an alle nochmal für die Tipps, die auf jeden Fall die Ursachenfindung des Problems extrem beschleunigt haben.