Einzelne VIs nicht mit in die App einbinden.

Wenn Du in dem Projekt die "Build specifications" aufrufst, kann man unter Source Files das Hauptprogramm festlegen aber auch weitere Datei mit einschließen. Also im Projektbaum die INI-Dateien suchen und dann bei "Always included" eintragen (Pfeil drücken).

Falls Du noch einen Installer baust, bietet es sich an, die INI-Dateien erst dort mit einzubinden, weil man so einen Installer mit INIs und einen ohne INIs erzeugen kann. Der ohne INIs ist dann praktisch, wenn man ein System schon installiert hat, die INIs angepasst hat und dann nur das Programm aktualisieren möchte. Die INIs werden jedoch überschrieben, wenn sie in der EXE bereits enthalten sind.

Zum zweiten Teil Deiner Frage habe ich keine Erfahrungen. Ich würde unter "Destinations" ein Plugin-Verzeichnis einrichten und die "Source File Settings" so einstellen, dass alle Plug-In aus dem Projekt in dieses Verzeichnis gehen.