Arduino Mega mit Labview, zu langsam

Ja, das klingt zu langsam, wenn man sich mal die Spezifikationen durchliest - ich hab hier nur recherchiert, keine Erfahrung mit dem Board
Die Auslesezeit sollte bei 100µs bzw. einer entsprechenden Samplerate von 10kHz liegen.

Hast du mal ein Minimalbeispiel des Auslesens ohne die zusätzliche Impuls-Geschichte getestet? Da kannst du ja mal für's grobe Überschlagen den Laufindex i beobachten, ob der eher 50 oder 10000 pro Sekunde steigt (wobei er letzteres auf keinen Fall wird, wegen der zusätzlichen Aktualisierung der Frontpanel-Elemente - aber zumindest "weit weg" von 50/s sollte er sein)