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Nun gut, der Absolutpfad zu einem VI ist in einer Exe anders, sowohl mit also auch ohne "flat-layout".

Bsp: Dein Sub-VI liegt unter C:\Projekt\Verzeichnis\name.vi, dein HauptVI direkt unter C:\Projekt
Dann erstellst du eine Exe, z.B. Programm.exe
Die liegt unter z.B. unter C:\Builds\Programm.exe

Der Absolutpfad zum VI name.vi lautet dann bei "Flat":
C:\Builds\Programm.exe\name.vi

Bei "Nicht-Flat" lautet er
C:\Builds\Programm.exe\Verzeichnis\name.vi

Vorteil der "Nicht-Flat" Struktur: Man kann viel einfacher mit relativen Dateipfaden arbeiten (absolute Pfade sind prinzipiell ein NoGo).

Gruß, Jens