Punkt 1:
DAQmx funktioniert nicht auf einer FPGA-Karte, die Erfassung und Auswertung musst du selber im FPGA programmieren.
Beispiele zur Auswertung eines 4-fach Encoders findest du im Internet (auf der NI-Seite) oder mglw. auch im NI Example Finder.
Punkt 2:
Bei nicht allzu langen Kabellängen sollten Spur A+ und B+ (inkl. GND-Signal, irgendeine Referenz brauchst du schließlich) langen. Unter der Voraussetzung, dass das High-Level dieser Signale zur Karte passt.
Punkt 3:
Mit den invertierten Signalen kannst du an der FPGA-Karte nicht wirklich etwas Sinnvolles anfangen. Für die Digital-Eingänge geht die Spannung in die falsche Richtung, würde nur übrigbleibem diese Spannungen per Analog-Eingang zu messen. Aber für 200ns sind da die Erfassungsrate zu langsam.
Such mal im Internet, es gibt einfache und günstige Signalkonverter für Differential->Single Ended:
https://knowledge.ni.com/KnowledgeArticl...AU&l=de-DE
Gruß, Jens