Array aus Datei

Ich hab mehrere Dateien, in jeder ist ein 2D Array. Ich möchte die Arrays untereinander verknüpfen. Also ein 2DArray aus allen Dateien erstellen.
Problem: Die Dateien haben eine unterschiedliche Anzahl von Zeilen, so dass mir ein Array erstellt wird, mit der Dimension der in einer Datei am meisten vorkommenden Zeilen. Die restlichen Zeilen werden mit Nullen aufgefüllt. Die will ich ja aber dort nicht haben, denn wenn ich die Arrays verknüpfe sind ja falsche Werte drin. Gut sieht man das in der letzten Datei, da ist eine Zeile drin aber der Rest wird mit Nullen aufgefüllt.

Verstanden? Hier ein Bsp: