Digitalen Rechtecksignalverlauf ausgeben, zu viele Leitungen, 1,5 V Pegel statt 5 V ?

Keine Ahnung, was du da mit "mehrere Leitungen" etc. meinst.

Aber dir sollten die Limitationen deiner DAQ-Karte bewußt sein:
Die 6008 kann bei DIO keinen Hardware-Takt, sondern "nur" Lesen und Schreiben mit Software-Takt.

Die Zeitinfos, die in einer digitalen Waveform enthalten sind, verarbeitet die Karte also gar nicht.

Bei dir pro Schleifendurchlauf: Du schreibst eine Waveform auf einen DO, das wird dann (wahrscheinlich) so schnell wie möglich von der Karte abgearbeitet. Gleichzeitig liest du 1 Sample auf dem DI, da wirst du natürlich nur ein High-Signal sehen.

Gruß, Jens

P.S.: Schon oft hier im Forum besprochen, eine Ausgabe eines PWM-Signals mit hoher Frequenz und eine 6008/6009, das passt nicht zusammen.