Messungen synchronisieren

Wenn die zwei Erfassungen in einer Schleife sind und quasi gemeinsam gestartet werden, so ist das noch lange nicht synchron - wie Du selbst erfahren musstest.
Auch der Vorschlag, die Samplezahlen gleich zu machen, hilft da nicht weiter.
Schau Dir erst mal die Beispiele unter
Signalerfassung und -ausgabe mittels Hardware / DAQmx / Synchronisation
dann erhälst Du eine Ahnung, um was es da geht. Meist findet man auch ein Beispiel, welches der eigenen Anwendung sehr nahe kommt.
Es ist auch zu überlegen, nur einen Kanal zu erfassen und die Winkelencoderimpulse direkt als externen Sampletakt zu verwenden. (Und gegebenenfalls den Nullimpuls des Encoders als Task-Start)