SubVi lässt sich vom HauptVi nicht steuern

Ich denke nicht, dass das dein Problem sein wird.
Das Problem wird wohl daran liegen (ohne dein HautpVI gesehen zu haben), dass deine SubVIs nicht komplet abgearbeitet werden sondern immer im Timeout state hängen bleiben. Damit kannst du am FP des MainVI verändern was du willst, es wird nie im SubVI ankommen.
IMO ist die Ereignis-Schleife nicht dazu gemacht in SubVIs auf Events zu warten, sondern sie ist dazu da user-events komfortabel zu verarbeiten.
Für deine Aufgabenstellung eignet sich eine State-Machine mit oben genannter konfiguration....

Edit:
Wenn du deine LV-Version angibts, kann dir sicher jemand (vielleicht sogar ich?!) ein kleines Beispiel schreiben